Damit Meerschweinchen rundum fit bleiben, ist – neben genügend Auslauf und Bewegung – eine gesunde Ernährung für die kleinen Nager wichtig.
Vor allem benötigen Meerschweinchen Heu in ausreichender Menge. Das heißt, es sollte permanent Heu, vorzugsweise in einer Heuraufe, für die Meerschweinchen vorhanden sein. Durch die Heuraufe wird weitestgehend verhindert, dass das Heu durch Kot oder Urin der Tiere verunreinigt wird. Aus diesem Grund sollte das Heu auch nicht auf dem Käfigboden platziert werden – auch wenn es dort für die Tiere am bequemsten zu erreichen ist.
Ein weiterer wichtiger Nahrungsbestandteil ist Frischfutter. Zum Frischfutter, das für Meerschweinchen geeignet ist, zählen unter anderem Gras, Gurke, Karotten, Löwenzahn und Apfel. Als Futtermenge für ein erwachsenes Tier kann einhundert Gramm Frischfutter als Anhaltswert dienen. Die Frischfuttergaben sollten über den Tag verteilt gefüttert werden, so daß die Tiere nicht alles auf einem Mal auffressen. Außerdem ist zu beachten, dass alle Tiere etwas vom Futter abbekommen. Deshalb kann das Futter an verschiedenen Plätzen des Käfigs platziert werden. Frischfutterreste, die auch nach einigen Stunden noch nicht gefressen wurden, sollte aus dem Käfig entfernt werden, damit sie nicht im Käfig verfaulen. Salat und Kohl kann in zu großen Mengen Blähungen auslösen und ist deshalb sparsam zu füttern. Um die Tiere mit Vitamin C zu versorgen, ist roter Paprika gut geeignet. Welches Grünfutter favorisiert wird, scheint von Meerschweinchen zu Meerschweinchen unterschiedlich zu sein, wobei sich alle Meerschweinchen für Löwenzahn und Gurke begeistern können.
Fertigfuttermischungen sind in vielen Fällen gar nicht oder nur in geringen Mengen erforderlich, weil sie sehr viele Nährstoffe enthalten und bei Überdosierung leicht Verfettung der Tiere eintreten kann. Viele Meerschweinchenhalter füttern deshalb höchstens einen Esslöffel Fertigfutter pro Tag und Tier.
Neben der Fütterung ist frisches Trinkwasser wichtig. Damit das Trinkwasser sauber bleibt, nutzen viele Meerschweinchenbesitzer Trinkflaschen, die ins Käfiggitter eingehängt werden und nicht – wie auf dem Boden stehende Trinknäpfe – umkippen oder verschmutzt werden können.